1.认识不到位。一些部门、单位对行政效能监察的涵义和法定地位认识不明确，存在重视廉政监察，忽视效能监察现象。在开展行政效能监察工作时，一般布置多，狠抓落实少。如，有的部门把强化机关管理混同于行政效能监察，使效能监察工作流于形式；有的部门只注重行政审批质量，保证工作不出差错，但轻视审批时效；有的部门认为效能监察是监察机关的事，与本部门工作关系不大。正因为思想认识有差距，部分领导重视不够，对效能监察的重要性、必要性认识不足，使得行政效能监察工作不能摆上议事日程，没有一个整体部署，导致这项工作缺乏力度，一些部门和单位开展行政效能监察积极性不高，难以有效推进。
2.机制不完善。从目前情况来看，效能监察主体相对单一，定位于行政监察机关，实行政府领导下的由行政监察机关履行监督检查职能的工作机制。这与廉政监察实行的“党政统一领导，纪委组织协调，部门各负其责，群众参与监督，上下齐抓共管”的领导体制和工作机制相比，力量明显不足。不仅党委、政府对行政效能的监督力度不够，行政机关内部、上级业务主管机关对下级业务主管机构也缺乏应有的效能监督，而且调动社会各界包括媒体和群众参与监督的工作显得乏力。
3.定位不准确。少数部门和单位对效能监察有关概念、工作内容、工作标准、方式方法等基本问题定位不准确，如效能监察抓什么、怎样抓，效能监察与执法监察是包容关系还是并列关系或交叉关系等等，没有明确的定位。在实践中，表现出工作方式不规范，工作标准要求不一致的现象，使得效能监察的工作内容包罗万象，缺乏针对性。
4.方法较滞后。当前效能监察工作主要是针对行政机关已发现的问题开展工作，事后监察较多，防范性的事前监察、事中监察少，难以制止失职等问题的发生。如重点工程项目、建设用地审批，强调要进行全程监督，但实际操作中往往只是停留在查看会议记录、询问执法情况、督促上报有关资料等老一套方法，致使效能监察难以收到应有的效果。工作方法的滞后，难以满足行政效能监察事前、事中监督的需要。
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